左宗棠力驳李鸿章，他认为：如果丢失新疆，则这块土地不是被西方的英国势力，就是被北方的沙俄鲸吞，中国随即失去西北边防的关卡要塞和重镇，使西北边防无以屏障，到时中国边防的兵力不但不能削减，反而会大大增加。从全局来看，不战而丢新疆的后果，对内必将严重有损国威，丧失民心；对外也必将助长列强的侵略气焰，不利于海防。以李鸿章的主张乃是误国，绝不可行。
当时的军机大臣文祥为左宗棠所说服，全力支持之："老臣以为宗棠之言深谋远虑，上承先皇高宗之遗志，下惠子孙万代，请陛下决策。"于是光绪皇帝和摄政的西太后下诏授左宗棠为钦差大臣，全权节制三军，以将军金顺为副帅，择机出塞平叛新疆。
左宗棠收复新疆的战略是先安定新疆回部，"欲收伊犁，必先克乌鲁木齐"。如果乌鲁木齐城克服，"我威维扬"，再大兴屯田以保证长期后勤供应，安抚新疆各部族耕牧如常。如此，"即不遽索伊犁，而已稳然不可犯矣。乌城形势既固，然后明示以伊犁我之疆索，尺寸不可让人"。
仅一年多时间，左宗棠就指挥西征军，攻克了被外寇侵占的南疆八城，收复了除伊犁以外的新疆领土。事毕，左宗棠上表申奏朝廷，光绪帝和摄政的西太后嘉其功，诏封二等侯爵。新疆各地也于大小村镇建立左公祠，烧香礼拜。
