八思巴因为给忽必烈灌顶和创造蒙古文字，被忽必烈封为帝师，这里的帝师不是皇帝老师，而是最高宗教领袖，不久，作为八思巴弟子的杨琏真珈被封江南总摄，就是主管江南佛教事务的人。
杨琏真珈在盗墓中盗了宋理宗的墓，打开宋理宗的墓，他发现宋理宗尸体完好，连衣服都没有损坏，于是他把宋理宗的尸体倒吊了三天，待尸体的水银流尽后取下宋理宗的头盖骨做成骷髅碗，尸身火化，宋理宗头盖骨做的骷髅碗杨琏真珈送给了八思巴。
洪武初年朱元璋听说了这事，叹息了许久说："南宋的皇帝们没有大的道德操守问题，跟蒙元也没有世仇。蒙元已然是趁人之危攻取南宋的，为什么还要如此残酷？"下令西藏喇嘛还回宋理宗的头盖骨，先以帝礼葬于应天府（江苏南京），第二年又将宋理宗头盖骨迁葬绍兴宋陵原址。
杨琏真珈在杭州灵隐寺旁的飞来峰雕凿佛像，雕了自己的一座像在多闻天王像的左下方，明代多个人曾说斩去了他的像头，可是都搞错了，他的像今天依然还在飞来峰。
