进入20世纪90年代，南海周边国家加快了在南沙“搞动作”的步伐，中国渔民作业面临越来越多的困难，也缺乏良好的避风地点和设施。为了解决这方面的问题，1994年中方决定在美济礁建设避风设施。而这个行动引起菲方强烈反应，被称为“美济礁事件”。1995年8月，双方在马尼拉举行关于南海问题和其他领域合作的具体磋商，阐述彼此立场，经过坦诚对话，双方签署了《中华人民共和国和菲律宾共和国关于南海问题和其他领域合作的磋商联合声明》，同意“有关争议应通过平等和相互尊重基础上的磋商，和平友好地加以解决”，承诺“循序渐进地进行合作，最终谈判解决双方争议”，“争议应由直接有关国家解决，不影响南海的航行自由”等。
中方的一贯立场是，中国对南沙群岛拥有无可争辩的主权。但是，考虑到这些分歧拖延已久，并考虑到中方与周边国家围绕南沙群岛一些岛礁所进行的反复磋商，中方在与周边国家改善关系的过程中，为了维护地区总体和平稳定，在不放弃主权的基础上，提出搁置争议、共同开发的主张。需要说明的是，这并不包括没有争议的黄岩岛。事实上，菲律宾在1997年以前也从未对黄岩岛提出过领土要求。黄岩岛属于中国这一点早有定论，不存在争议。
众所周知，菲律宾的疆域主要由1898年《美西巴黎条约》、1900年《美西华盛顿条约》和1930年《英美条约》所界定，这三个条约都明确规定了菲律宾领土位于东经118°以东。而黄岩岛明显位于该线以西，从未属于过菲律宾。1935年《菲律宾共和国宪法》、1947年《美菲一般关系条约》、1952年《菲美军事同盟条约》、1961年6月17日菲关于领海基线第3046号法令和1968年菲律宾关于领海基线的修正令等，都先后重申了三个条约的法律效力，再次明文确定了菲律宾的领土范围，其领海基点和基线均未包括黄岩岛。菲律宾官方也承认黄岩岛不在菲律宾领土主权范围内，在1967年、1981年和1984年菲律宾官方出版的地图中，都清晰地显示出黄岩岛在用虚线标出的菲律宾领土界限之外。
菲律宾政府上世纪90年代绘制的官方地图显示，黄岩岛在菲律宾领土之外 图自WorldPress“讨论南海”论坛
