后来樊哙随同刘邦芒砀山起义，就开始和刘邦一起打天下，一路为刘邦出生入死。在鸿门宴上，樊哙更是毫无惧色的同项羽对峙，独自持剑盾闯入项羽的营帐之中，"西向立，凝视项羽，目眦尽裂，头发上指"，一番话说得项羽对他大为称赞。正是在樊哙的掩护下，才缓和了宴会的气氛，刘邦也有了趁乱逃跑的机会。
刘邦做了皇帝之后，樊哙被封为了舞阳侯，官至左丞相。可见刘邦对樊哙这个跟他出生入死，一路走来的兄弟还是非常的信任的。樊哙和吕媭生有一子樊亢，之后又广纳妻妾，又生下一子樊市人，樊哙也算是功成名就。到了刘邦病重的时候，吕后开始干预朝政，作为吕后的亲妹夫，在军中又有很高威望的樊哙也受到了刘邦的猜忌，刘邦害怕自己死后樊哙会和吕后一起夺取自己的刘氏天下，就下令要杀了樊哙。
被派去杀樊哙的陈平周勃二人为了给自己留后路，就没有斩杀樊哙。刘邦去世之后，吕后掌握了天下大权，开始重用自己的亲属，严重的威胁到了刘家的天下，在此期间，樊哙的妻子吕媭也被封为了临光侯，成为了历史上的第一个女侯。在吕雉死后，众大臣开始平叛诸吕之乱，那些在吕后生前无限风光的吕氏子弟也都遭到了清洗。
樊哙作为吕后的妹夫，他的家族自然也会受到牵连，吕媭和他的嫡子樊亢死于笞刑，庶子樊市人因为与吕氏没有什么关系，这才幸免于难，并且继承了樊哙的舞阳侯的爵位。樊市人死后由他的儿子樊他广继承爵位，但是有人举报说樊市人身体羸弱，根本生育不了，樊他广也是樊市人妻子与人私通所生，汉景帝知道后就夺了他的爵位，又将其贬为平民。
