当时的藏地，还有四川总督从四川带来的屯练降"番"兵数千人，这部分兵力是当年大小金川战役中向清军投诚的藏族土司军队。这支部队由于具有横断山脉一带的生活与作战经验，因而十分适应清军在中尼边境地区的高原山地作战。除此之外，当地本身便驻扎的本土藏兵、绿营兵与蒙古兵同样因为长期驻扎藏地而十分适应本土作战环境。
所以说，福康安手下这支不足万人的军队虽然规模小，确是极其适合本土作战的精锐部队。
作为前线统兵将领，福康安同样具有高超的智谋。他在入藏之后，首先利用自己的军功威望安抚前藏与后藏的宗教领袖团体，对之施以恩威，并妥善部署反击策略。随后，他指挥入藏川军总兵成德为东路军首领，自己与海兰察率领西路军为主力，分进合击。
福康安亲自率领西路军，趁农历五月消融之际，猛攻廓尔喀军队驻守的擦木山隘（在今吉隆县宗喀镇南），并顺利收复济咙隘口；而东路适合山地作战的川军，则在冰雪封山之际顺利占领聂拉木隘口，从而遏制了廓军的进攻路线。
