卓敬博学多才，"凡天官、舆地、律历、兵刑诸家，无不博究 "，明洪武二十一年，卓敬以一甲二名进士及第，被朱元璋任命为户科给事中，他为人耿直，不避权贵，敢于直谏。
当时明朝开国时间还不长，天下还不太平，朱元璋忙于平定各种势力，各种规章制度还不健全，服饰、车马都没有随身份等级的不同而有所区别，各个藩王的服饰、车马都是随心所欲，都和太子朱标没有差别。
看到这种现象，卓敬上奏说道："京城为天下效仿，陛下对诸王如不趁早分辨等级、威严，而使他们的服饰与太子相同，从而嫡庶混乱，尊卑无序，何以令天下？"朱元璋说："你说得对，朕还没有考虑到此。"因而更加器重他。卓敬在洪武朝历任宗人府经历、户部侍郎。
建文帝即位后，卓敬曾秘密上疏说："燕王智谋绝伦，并有雄才大略，酷似高皇帝。北平地势优越，兵精马壮，金、元即由此兴起。现在应当将他改封南昌，万一有变，也容易控制。"
