当然，明朝部分的档案并不齐全，因为清朝入关，战火连累，有些档案被烧掉了。而清朝档案也不齐全，特别是光绪之后的文档，被损毁很多。因为到了清末后期，北洋政府经费不足。他们将这些档案视为“废纸”，直接用很少的价格卖给了书商。这些档案共计被装了八千麻袋，卖出之后并未被好好保护，以至多年的风吹雨打又损失很多。
后来，专门研究国家历史的学者罗振玉发现了它们，于是从书商那里花了12000块银元买回来。可是，罗振玉在1924年迫于生计，只得将这批资料又按16000银元的价格卖给了李盛铎。这件事被中央研究院历史语言研究所知晓，便再加2000银元，直接将档案买回，送进了国家档案库。
这一周折历时20年，因为各种损失让内阁大库档案损毁近三万斤。当时傅斯年正是中央研究院历史语言研究所的创办者，他与蔡元培为内阁大库文档的保护人，也是当时蒋政府设立的最高学术研究机构。所以在蒋介石要撤离时马上就通知了傅斯年，他则利用自己熟悉的便利，将精品部分全部带去了台湾。
