1861年，咸丰帝病逝，慈禧太后与慈安太后联手掌权，开始垂帘听政，慈禧太后想到当年承诺，便开始报恩。在此之前，吴棠因为守城立下了功劳，晋升为正四品徐海道员。慈禧太后再度下令，吴棠直接连跳三级，升为从二品江宁布政使，同时任漕运总督。而且吴棠还有一个特权，他可以保举官员，并且不必通知两江总督及江苏巡抚。
圣旨中写道："吴棠于属员中，拣择妥员，无论道、府、州、县，出具切结考语，奏请补放，不必拘定资格，总以民情爱戴，才能胜任为要。亦不必循例会同督抚题请，以期迅速。倘所保之员，不能得力，朕惟吴棠是问。"
朝中有人好做官，吴棠有了慈禧作为"靠山"，他的官场之路开始变得格外顺畅。此后吴棠历任江苏巡抚、闽浙总督、四川总督、成都将军等职。
