就这样一直到了嘉靖帝登基，帝王庙才重新出现在人们的视线里。大多数人应该都知道嘉靖原本只是一个藩王，由于明武宗没有后代，所以皇位才落到了他的身上。嘉靖上位之后，就坚持追封自己的生父为皇帝，而满朝文武则是极力反对，因此他们之间就礼制展开了一场激烈的争吵，最后嘉靖获得这场礼仪之争的胜利。嘉靖为了树立自己的所谓的"礼"，因而决定在北京也建造一座历代帝王庙。
因为有南京帝王庙作为参照，素有北京的工程很快就完工了，嘉靖还参加了第一次祭祀。当时大臣姚涞提出要撤掉元世祖的牌位，可是嘉靖却驳回了他的请求。后来嘉靖帝前期还算是个不错的皇帝，可是他后来对朝政越来越怠慢，大明开始变得混乱起来。嘉靖不反思自身的问题，反而把问题怪罪在蒙古人身上。那时蒙古部落中出现了一个特别厉害的人物俺答汗，他经常带人骚扰明朝边境。
双方数次交战，由于明朝久不用兵，防范疏忽，经常吃亏，这让自命不凡的嘉靖十分生气，因为对俺答汗无能为力，就将怨恨转嫁到他的祖先忽必烈的身上。嘉靖帝在后来一次祭拜历代帝王庙的时候，指着忽必烈的牌位大发雷霆，立马让人撤掉了忽必烈的牌位。不仅如此，连南京帝王庙的忽必烈雕像也被一并销毁了。
嘉靖的行为不过是自欺欺人而已，后来俺答汗率领强悍的蒙古士兵打到了北京城下，给了嘉靖沉重一击。
