史载弘光政权控制的四镇有"数十万骄悍之兵"此外，而且还有左良玉占据长江上游，有"兵八十万，号百万"，虽然左良玉的兵力有很大的水分，但是弘光政权至少拥有几十万军队是确定的。
史可法接到多尔衮的信之后，加上农民军一路败退，史可法决定变更南京城原有的布防，从主要防御农民军变成清军。因为清军主要都是来自北方，所以史可法将布防重点放在了南京以北，也就是以淮河和长江作为两道主要防线。
史可法为了增强防卫力量，还重新整改南京城的京营制度，要求所有侍卫和锦衣卫都要入伍操练。
除此之外，史可法还提出了自己的防御规划。
"从来守江南者，必于江北。当酌地利，急设四藩。以淮扬泗庐自守，而以徐滁凤六为进取之基。兵马钱粮，皆听自行征取。而四藩即用黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐为我藩屏。固守江北，则江南之人情自安。"
