一是半路出家。秦琼一生跟随的主子很多，他最开始是隋将来护儿部将，后来跟随隋朝名将张须陀去围剿李密。结果轻敌的张须陀死于李密的妙计之下，而秦琼走投无路之下，投靠了裴仁基，再接着跟着裴仁苦转投李密。李密对其很器重，任命他为帐内骠骑。李密死后，秦琼投靠了王世充，后于唐高祖武德二年（公元619年），秦琼做出弃暗投明之举，他和程知节等人一起投唐，成了秦王李世民手下的大将。总之，秦琼尽管立下赫赫战功，但因为他"半路出家"的特殊政治背景，不免受人排挤，不免引人猜忌，唐太宗在给功臣排名时，也不得不考虑这一因素。
二是英年早逝。秦琼虽然勇猛，但毕竟是血肉之驱，他多年征战，因为负伤太多，导致了疾病缠身，引用他自己的话来说就是："吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？"也正是因为伤病，他并没有参与玄武门之变。再后来，一直卧病在床的他几乎没有参与政事，贞观十二年（公元638年），秦琼病逝。
而秦琼去世后，唐太宗特许把他葬入昭陵，在他墓前立石人石马以表彰其生前战功，并且追赠他为徐州都督、胡国公。五年后，分封凌烟阁二十四功臣时，唐太宗依然能秦琼留有一席之地，已经是仁致义尽了。
