此后蓝理被调任为施琅的手下，在康熙平定台湾的澎湖之战中，蓝理身先士卒，斩将夺旗，杀敌无数，立下首功，不过蓝理也在交战中身受重伤，肠子都露出来了，还好有名医诊治，得以康复。（公鏖战，自辰至午，手杀八十余人，身披十余创。）事后蓝理被康熙加封为左都督，升为参将。
有一次，康熙当着百官的面问蓝理："你就是在澎湖之战中，身负重伤依然奋战的蓝理吗"蓝理点头称是。康熙大为感慨，他边说边解开蓝理的衣服，"为抚摸伤处，嗟叹良久"，这对古代的官员来讲，是莫大的荣耀。康熙后来加封蓝理为福建提督（从一品），还御赐蓝理"所向无敌"四个字，蓝理成了当时的名将。康熙五十八年，蓝理病逝，享年七十一岁。
