不过，南明政权，多为武将把控，居功自傲后，导致内部争权夺势，特别是孙可望降清后，把西南的军事情况上奏给了清廷，在吴三桂的带领下，清军朝西南进军。李定国部队作战英勇，和吴三桂血战的，军队死伤超过一半，清军死伤惨重。两军对峙，但永历帝却被部下挟持到了缅甸，和李定国失去了联系。
而吴三桂知道剿灭不了南明军，就改为招降。导致李定国部队军校动摇，有不少人投靠清廷。李定国派使者要求缅甸交出永历帝，缅甸杀掉使者，李定国在边境击败缅甸军后仍然没能要回永历帝。
此时的永历帝已经翻不起风浪，李定国部也只剩下残兵，清军已经牢牢把控了西南，南明败局已定。由于清军损失惨重，加上西南作战条件恶劣，士兵连连叫苦，清廷有意撤军。不过吴三桂，却坚决反对，连连上奏，表示如果留着永历帝在缅甸，云南将会受余孽侵扰。于是清廷采纳他的意见，令爱星阿率兵增援吴三桂，进军缅甸。
