据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记录，建文帝死于宫中大火。当时，燕王军队兵临城下，将宫城团团围住，建文帝想逃也来不及了。
建文帝深知他的四叔是个贪权尚武、残暴无情的武夫，落到他手上绝没好下场，于是放火纵身火海之中。而朱棣也绝不能让建文帝继续活下去，否则，他就不能登帝位。
当燕王军队开进皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。但是，为了不留下"杀侄夺位"的骂名，朱棣在发现烧焦的尸体时又假装痛哭流涕，声称自己出兵只是为了"清君侧"，辅佐建文帝。
仁宗朱高炽御制长陵碑也说，建文帝殁后，成祖备以天子礼仪殓葬。成为明成祖的朱棣后来在给朝鲜国王的诏书中说，没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。
