后来沈括去了杭州，和苏轼谈论起了旧情，把苏轼的新作进行了抄录，苏轼也是不以为意。等到回京之后，沈括就用附笺的方式，把认为是诽谤的诗句详细的加以注释，然后交给了皇帝，揭发苏轼在诗文当中愚弄朝廷，无君臣之义。不久之后，历史上有名的乌台诗案发生，苏轼差点丢了性命。虽说沈括不是乌台诗案的主谋，但他却是这件事情的始作俑者。此后，苏轼被贬到了黄州。
这件事之后，沈括是更加的受王安石的赏识，就对他更加重用。当时的王安石变法还处于优势时期，沈括也是在王安石的重用下步步高升。后来王安石逐渐事实，变法走向失败，这时候的沈括就极力撇清自己和王安石的关系，一点也不顾及王安石对他的情分，将王安石变法的一个弊端交给了王安石之后的丞相吴充，吴充将这件事告诉了宋神宗，王安石自然也知道了这件事情。
他提出的这个弊端是在王安石被罢相之后，因此也就给反对他的人提供了口实，之后他就被弹劾。沈括虽然有才，但是他也是在王安石的帮助下才快速升官，结果王安石一失势他就赶紧与其划清关系，甚至还有点落井下石的意思，也是让人所不齿。
