但是得到东王被杀消息的东王亲信户部尚书吉成子和礼部尚书傅学贤等人担心祸及自身，于是与其他东王府心腹亲族密谋，率领东殿人马，与韦昌辉在天京城中战斗起来。他们名义是为东王而战，实则更多是为了捍卫自己的权力和地位而战。
最后由于韦昌辉援兵的到来，傅学贤兵败身死，但此时的局势已经无法控制，韦昌辉也早已经杀红了眼，大清洗开始了。韦昌辉在天京屠杀十余日后，翼王石达开到天京，目睹天京惨状，责备韦昌辉滥杀，韦昌辉便记恨在心，欲除石达开而后快。石达开得到消息后，连夜缒城逃出城外。北王未能捉拿翼王，就杀光了翼王家属及翼王府的所有部属。至此，事态开始变得不可收拾。
逃出天京城的翼王在安庆整顿部队，起兵讨伐北王，并要求天王杀北王以谢天下。此时在天京以外的太平军大多支持翼王，北王在势急下攻打天王府，想抓住洪秀全保住自己的性命，但是城里的军民已经因为屠杀彻底失去了对韦昌辉的信心了，最终北王韦昌辉于11月2日被杀，不久，燕王秦日纲及陈承瑢也被处死，同时，天王洪秀全撤销了杨秀清的图谋篡位罪名，并将杨秀清之死忌定为"东王升天节"。
北王韦昌辉死后，翼王石达开执政，天王洪秀全害怕再出一个"东王"，便重用其兄弟以牵制石达开，迫使石达开负气出走。
自此，太平天国由盛转衰。
