作为一名非常正直的朝廷官员，袁崇焕从当官开始，就是不屑和阉党为伍的。相反，袁崇焕与东林党却相处甚密，私交也非常好。
比如在杀毛文龙的时候，这事情如此机密，可是毛文龙却和东林党的魁首钱龙锡商量了一番。因为钱龙锡曾经镇压过阉党魏忠贤，阉党余恶恨屋及乌，袁崇焕成为阉党的靶子。
遗憾的是，就在袁崇焕杀死毛文龙没多久，刚刚发生了后金如寇京师这件事，这导致京城人心大乱，从而给崇祯留下了是袁崇焕导致京城局势变化的印象。
其实，关于后金攻打北京的危险性，袁崇焕也对崇祯皇帝上书过，他说"臣身在辽，辽无足虑，惟蓟门单弱，敌所窃窥，请严整饬前督，峻防固御，为今日急著。"然而，对袁崇焕的建议，崇祯皇帝并没有接受。
