当同治帝选择阿鲁特氏后，控制欲极强的慈禧恨得咬牙切齿。对于自己的亲生儿子，慈禧自然不会加以怨恨，但对于阿鲁特氏，她可就不会那么客气了。所以从一开始，慈禧和阿鲁特婆媳之间关系就十分糟糕。在同治皇帝面前，慈禧太后几乎天天说阿鲁特氏坏话，还责怪同治冷落了慧妃。结果"熊孩子"同治不仅不听，还更加远离慧妃，亲近阿鲁特氏，把慈禧太后气得要发疯。
见儿子对自己的建议置若罔闻，慈禧对阿鲁特氏更加憎恶。在阿鲁特氏给自己请安时，慈禧不给她好脸色看，还处处刁难嘲讽她，让她经常在嫔妃宫眷面前难堪。后来同治皇帝染上花柳病，十九岁就死了，这时候的阿鲁特氏失去了靠山，慈禧太后将阿鲁特氏囚禁起来，对她百般折磨。
皇后没有了同治皇帝的支持，孤立无援。皇后父亲和慈禧请安，问这往后的日子该怎么打算。这慈禧便说："和同治皇帝如此深爱，那就殉葬吧"。这父亲正巧接到了女儿的来信，问以后何去何从，大笔一挥，写下一字："死"字派人送去。
明白了一切的阿鲁特氏彻底绝望了，她决定随丈夫而去，于是便停止了进食，最终于光绪元年二月二十日崩于储秀宫，此时距同治帝去世仅过了75天。随后，光绪帝为其上谥号为孝哲毅皇后，与同治帝合葬于惠陵
