正如上文所述，少林寺拆迁的事情也算是不了了之，但几年后，少林寺便迎来了未来的曙光。626年秦王李世民发动玄武门之变，打败那些皇室兄弟后，他迅速控制了皇城，李渊自知无力回天，自觉退位，秦王即位为唐太宗，掌握了天下生死大权的太宗，很快开始处理少林寺拆迁之事。
本就对少林寺和众位僧人赞赏有加的太宗，不仅将先帝收回的4000亩良田归还少林寺，而且对少林寺愈加宽容和看重，首先便是允许少林寺可以寺内练兵，是谓僧兵。
自古私下养兵者最终都难以善终，没有一位帝王可以忍受另外一股军队势力的出现与潜在威胁，但太宗此举一方面体现其天下大局的气魄，另一方面则是从侧面表现佛教对于一个朝代产生的积极作用。
第二，太宗更是打破传统，恩准少林寺僧人不必遵守酒肉戒和杀戒的常规。以上恩赐均被记载在少林寺内的《唐太宗赐少林寺主教碑》，碑文中有着详细内容。
