明治维新时期，日本从上到下发生了翻天覆地的变化。1868年春，明治天皇正式下诏，在全国范围内推进宗教改革和教育改革。废除佛教的国教地位后，又打击佛教寺院。这一年夏天，明治天皇废除了四天王寺在日本佛教界中至高无上的地位，将其降格为普通佛教寺院。教育改革方面，明治天皇废除了佛教教义科目，引入西方课程。《日本书纪》载"圣德太子废佛教教义，引入荷、英、法国语言，又引入机械、医学等科目。"
明治天皇让日本全盘西化，几乎给了金刚组致命一击。1868年，明治天皇终止了对金刚组的一切固定资助，同时，强制取消了金刚组在其所修建的各大寺院中，定期收入的维修经费。由于变革突发，金刚组事前又没有任何其它行业的经验，在1870年之前的两年中，金刚组举步维艰，险些破产。《日本书纪》载，"明治元年（1868），天皇颁布神佛分离令，四天王寺失去寺领，金刚组禄止。"1869年初，以四天王寺为首的部分日本佛教团体，向金刚组无偿提供资金援助，由于当时日本有七万多座佛教寺院，金刚组才得以度过这次危机。随后，金刚组通过立刻转舵，退出寺院建设行业，进军古建筑维修保护行业等措施，才稳住了局面。
明治维新危机，是金刚组历史上最大的危机，此后，虽在第二次世界大战和二十世纪的几次经济危机期间，金刚组也受到波及，但其根基再未动摇。二十世纪六十年代，金刚组进军民用住宅行业，在日本神户市、大阪市和京都市等地区，都有他们的作品。上世纪九十年代，日本房地产泡沫危机结束后，金刚组重拾旧时家当，又做回了1400年前的佛教寺院建筑行业，如今依旧是日本最权威的寺院建筑公司。
