吴三桂的战略决策也出现了较大的失误。起兵后，吴三桂挥师北上，先后攻占贵州、四川、广西、湖南等多个省份，加上陕西的王辅臣，广东的尚可喜和福建的耿精忠等人应声而起，看起来地盘很大，但实际上它们之间并没有统属关系，而是各自为政，犹如一盘散沙。陕西的王辅臣畏道畏尾，首鼠两端，而福建的耿精忠和台湾的郑经则为了抢地盘而大打出手。这些都使得清军获得喘息之机，并在后来反扑成功。
前期进展顺利依靠的是吴三桂镇守云南十多年的苦心经营，在攻克湖南后，吴三桂与清军展开了拉锯战，多次渡江被击败，令已至暮年的吴三桂产生划江而治的想法，在长江沿途严密布防。起兵五年之后的康熙十七年（1678年），吴三桂在衡州（今湖南省衡阳市）登基称帝，国号大周，改元昭武，大封群臣。不过很可惜，吴三桂在皇帝的宝座上仅仅坐了五个多月就病死了，反清大业也随着他的离世而宣告失败。
