司马睿也十分肯定王导对他的帮助，他常说王导就是他的萧何。不止司马睿，整个天下的人都知道东晋王朝的建立归功于谁。所以当时就有"王与马，共天下"的说法。
司马睿表面上对王氏家族感恩戴德，但心里却还是对其很是忌惮。于是变着法儿的开始削弱王氏的实力。这时候，官拜大将军的王导的堂兄王敦就很不满了。公元322年，王敦率军攻入建康，杀戴渊等人。史称"王敦之乱"。
王敦造反后，整个琅琊王氏都陷入了危机。大臣们纷纷劝司马睿诛杀王氏一族。王导当时带着族中二十多名男子每天跪在朝堂外请罪，并且亲自带兵平乱。最终在王导的劝说下，王敦没有再逼司马睿退位。王敦之乱就此画上了句号。琅琊王氏算是功过相抵，并无一人受牵连。
王敦之乱后，司马睿实际上已经被架空。等到司马绍继位后，王敦又起了反叛之心。他在司马绍做太子时就想将其废黜，如今更是容不得他。
