纳土纳群岛作为明朝的固有领土，一直伴随明朝二百多年，到了明朝末期后，国内战乱不止，明朝也没有时间管这么远的纳土纳群岛了。此时一个叫张杰绪的广东潮州人在岛上宣布自己是国王，从此纳土纳群岛进一个王国时代。到了清朝时，清朝根本没瞧得上纳土纳群岛，对于张杰绪后人在那里当国王，也懒得理他们。清朝皇帝认为，纳土纳群岛就是汉人流民建立的岛，他们都是反清的，愿称王称霸就让他们呆在那里吧！
清朝瞧不上纳土纳群岛，但远在欧洲的一个小国却盯上这座小岛。此国就是欧洲最初的海上强国荷兰。此国可以说是老牌远洋帝国了，国土小的可怜，所以该国人就不断向外发展，靠着船队占领了很多岛屿。当荷兰来到纳土纳群岛后，就相中此地。于是就趁张杰绪后人内乱占领了纳土纳群岛，从此纳土纳群岛成为荷兰的殖民地，荷兰人一直强迫岛上华人学习荷兰语。荷兰的殖民时间达到340年。
第二次世界大战时，日本一度占领这个群岛。日本战败后，荷兰人就想再次占领，但此时印尼却不愿意了，于是荷兰就把纳土纳群岛给了印尼。从此这座中国古代的群岛成了印尼的。
