朱瞻基的功绩不止于此，不过在他的一生中也有一个污点，那就是即位第三年闹出来的废后风波。朱瞻基宠爱孙贵妃胜于原配的胡皇后，胡皇后是一位贤德的皇后，深受张太后的喜爱。可是胡皇后一生只生育了两个女儿，其中一个还早亡了。而孙贵妃深受朱瞻基的宠爱，又为他生下了皇长子朱祁镇。朱瞻基便以胡皇后无子的缘由要废黜她，大臣们多番劝阻也无济于事。
最终胡皇后无错被废，移居长安宫为道姑，赐号静慈仙师。不久后朱瞻基便将孙贵妃册立为皇后。因为这件事，还引起了百姓们的非议。不过几年后，朱瞻基对此也比较后悔，觉得是自己年少时的冲动。
