在中俄谈判时期，西北的准噶尔汗国不断东扩，占据了整个喀尔喀蒙古地区，一直打到了乌兰布通。随后，康熙三征噶尔丹，三次都取得了胜利。同时，准噶尔后方的策妄阿拉布坦独立，噶尔丹内外交困，被迫服毒自杀。
此后，喀尔喀蒙古地区纳入了清朝版图。1717年，策妄派6000军队进入青藏高原，灭和硕特汗国。1720年，康熙的三路大军将准噶尔的军队赶出了青藏高原，清朝在青藏驻军，标志着西藏和青海纳入了清朝版图。从此，清朝的疆域面积突破了1000万平方公里。
清朝和准噶尔的战争
康熙去世后，雍正巩固了康熙打下的江山。在北方，和俄罗斯签订了《布连斯奇条约》、《恰克图条约》，确立了清朝对外蒙古的主权；在青藏高原，平定了罗卜藏丹津叛乱，设置了西宁办事大臣和驻藏大臣，这是中国中原王朝首次在青藏高原设置行政机构；在西南地区，大规模推行了"改土归流"；对准噶尔方面，双方签订了和平条约，以杭爱山为界。
