1658年宁古塔都统沙尔虎达又率四十艘战舰与俄军在松花江下游开战，最后歼敌两百多人。1660年宁古塔将军巴海率水军在古法坛村击退沙俄军队。经过数次战争，沙俄嚣张的气焰有所收敛，不过沙俄的后勤补给通过与尼布楚人以及蒙古车臣部贸易而充足，有了补给沙俄军队就没那么容易被完全消灭，所以黑龙江流域的俄军一直都在活动，直到康熙帝平定了三藩，统一了台湾后才最终下定决心来解决东北问题。
从康熙二十四年到康熙二十七年，清军为收复雅克萨对入侵的俄军进行了两次围歼战，迫使沙俄与清朝谈判边境问题，双方在康熙二十八年签订《尼布楚条约》，划分了中俄两国东部边界，从法律上确立黑龙江和乌苏里江流域包括库页岛在内的广大地区属于中国。但是贪婪的沙俄并没有真的放弃黑龙江，反观清政府居然为了保护自己的龙兴之地东北而禁止汉人迁入，使得东北得不到发展，特别是外东北更是荒无人烟，也缺少兵力驻扎。乾隆三十年沙俄判断清朝没有在库页岛上驻军，便派军队强占了库页岛，乾陵三十四沙俄在岛上在岛上修建行政厅、教堂、监狱、学校等建筑，此时日本也从南部登陆库页岛，日俄双方在库页岛上发生了多次冲突，而拥有库页岛主权的清朝对此却完全不知，到第二次鸦片战争时沙俄都已经在黑龙江建立了很多据点了，清朝想要重申外东北主权近乎不可能。
1858年沙俄东西伯利亚总督和尼古拉·尼古拉耶维奇·穆拉维约夫与清朝黑龙江将军奕山签订了《瑷珲条约》，该条约使得中国失去了黑龙江以北、外兴安岭以南约60万平方千米的领土，清政府得知后颇为震怒，拒绝承认此条约，并将奕山免职查办。两年后第二次鸦片战争爆发，沙俄怂恿英法联军北上，自己则与美国充当好人来调停战争，最后沙俄迫使清朝签订《中俄北京条约》，规定清政府承认《瑷珲条约》，并且连原来的共管区乌苏里江以东都完全割让给了沙俄。
在划分边境线时，沙俄早早的谋划了要占领外东北的所有海岸线，不过《中俄北京条约》规定的两国边境是图们江入海口，但是条约描述的并不清楚，在勘测时清朝官员也没有尽职尽责，最终将中俄边境线推至离图们江出海口二十里的地方，中国也完全失去了日本海的出海口。虽然失去了所有日本海的出海口，但清廷方面也没有很重视，毕竟那时人们的海权意识并不重，加上沙俄的咄咄逼人和清政府的软弱，外东北的丢失与出海口的失去似乎都成了理所当然的事。
