王新亭二话不说，第一个提出让出他的中央委员名额。这就是八大让贤的故事。同年，军事科学院成立，叶剑英元帅担任院长兼政委，叶帅提议，由王新亭担任副政委。王新亭全力配合叶帅做好军事教育工作。
1963年，王新亭和李天佑一起被任命为副总参谋长。从此，王新亭在总参谋部任职长达9年。对于这项任命，王新亭非常忐忑，他对叶帅说，自己长期做政治工作，水平不高，恐怕难以胜任副总参谋长的工作，请组织上再考虑一下。
叶帅说，既然组织已经决定了，就服从命令吧。后来，总参谋长罗瑞卿大将跟王新亭谈话说，调你到总参谋部工作，那是毛主席亲自提名的。毛主席说，总参谋部一定要有一位红四方面军的将领。而在红四方面军当过军政治部主任的王新亭是最合适的人选。
（王新亭和大将王树声等）
原来，日理万机的毛主席一直记得王新亭，这让王新亭非常感动。在那个特殊的年代，为了不辜负毛主席的信任，王新亭认真履职，配合罗瑞卿做好总参的工作。需要说的是，"四清"期间，王新亭这么一个中央的大首长，用了一个化名，到农村和农民同吃同住同劳动，认真开展调查工作。
王新亭上将一辈子谦虚，一辈子低调，在他七十岁生日的那天，他回顾自己的戎马一生，由衷地对大家说，这一辈子，在党的领导下，做了一点工作，那是微不足道的，有很多缺点和不足。工作中有了成绩，不能记在账上，有了缺点和错误，那是绝对不能原谅自己的。1984年，王新亭病逝，享年76岁。
