葛尔丹当时建立了庞大的准格尔汗国，并且在清朝的雅克萨之战后立刻出兵喀尔喀蒙古，并战胜了喀尔喀蒙古，驻兵乌兰布通，严重威胁到清朝的京师安全，康熙此时为了能专心对付葛尔丹，于是派出大臣索额图和沙俄谈判，确定了《尼布楚条约》。
就在索额图谈判的过程中，索额图还提出要和沙俄划分西伯利亚与喀尔喀蒙古之间的中俄中段边界问题，但是沙俄代表却予以拒绝，拒绝的理由有两条，第一：沙皇没有要求谈判。第二：喀尔喀蒙古已被噶尔丹占领，所以清朝无资格与俄国谈判。
再之后，由于沙俄对贝加尔湖地区的喀尔喀蒙古部落进行压迫，再加上葛尔丹对于喀尔喀蒙古的占领，迫使喀尔喀蒙古大幅南迁，彻底离开了贝加尔湖地区，在之后雍正时期与沙俄谈判时，则彻底放弃了对贝加尔湖的声索，基本以现在蒙古国和俄罗斯的边界划定。
可以说，正是由于葛尔丹的出现，使得喀尔喀蒙古部落大量南迁，也让清朝彻底丧失了对贝加尔湖地区的控制，自然也无法和沙俄进行谈判，彻底失去了贝加尔湖。
