从葛尔丹开始，准噶尔汗国开始强大起来，也在对哈萨克的战争中获得了胜利。1684年，葛尔丹大规模西进，攻占塔什干、赛撒马尔罕、布哈拉、乌尔根齐等城市。之后，准噶尔又占领了锡尔河沿岸以及费尔干纳，乌兹别克汗国。该时期的准噶尔汗国的疆域达到了顶峰，其西接近到达了咸海，向东到达乌兰布通（赤峰）。
不过噶尔丹却在清朝的战争中遭到了失败。在康熙皇帝三次亲征后，噶尔丹失败，喀尔喀蒙古也在1691年纳入了清朝的疆域。在策妄阿拉布坦时期，准噶尔依然十分强盛。1699年，他派遣军队西征哈萨克汗国，使得哈萨克汗国瓦解，分裂为了大玉兹、中玉兹、小玉兹三个汗国，并且都臣服于准噶尔汗国。1717年，他率军进入了青藏高原，兼并了和硕特汗国。不久，康熙也派遣军队进入了青藏高原，驱逐了准噶尔的军队。随后，青藏纳入到了清朝的版图。
雍正时期，清朝和准噶尔汗国在蒙古高原西部拉锯战争，最终双方签订了条约，以杭爱山为界。此后，准噶尔汗国开始走向了衰落。1745年，噶尔丹策零去世，汗国内部爆发了内战，直到1753年才停止。在准噶尔内战的时候，清朝、哈萨克汗国、俄罗斯都正在磨刀霍霍，准备向准噶尔进攻了。1748年，哈萨克汗国大玉兹进攻准噶尔，重新占据了塔什干、七流河等地区，1752-1753年哈萨克军队又占领了伊犁河流域，并且成功占据了伊犁。而俄罗斯则乘机占领了车臣等地。
