苗沛林得知太平天国首领曾经是一个秀才,也动了心思"他这个秀才能成事,那么我这个秀才又有什么理由成不了事呢?"于是他先投捻军又投奔清军,在清军手下混的一个"主持团练"的身份,于是他抓住机会在两年中抓住各种机会使自己成为了一个拥有将近十万人的地方军阀。
苗沛林觉得自己手下有了兵心里的底气也足了,于是就第一次举起了反清大旗联合太平军,捻军一起对抗清军,可是这个时候的清朝还是气数未尽,很快苗沛林意识到自己不是清军的对手于是又向清军投降,而急需人马的清军不仅接受了他的投降而且允许带兵,并没严惩他。
没过多久,苗沛林投机钻营的性格,使他在太平军占上风的时候,第二次联合太平天国的军队一起对抗清军再次举起反清大旗,但是清军很快调集兵力,苗沛林却诱捕太平军英王陈玉成献给清朝再次投降。