同年，倭寇又率领二万人马，大势劫掠潮州，《明史·俞大猷传》："平未几复叛，造战舰数百，聚众万余，筑三城守之，行劫滨海诸郡县。福建总兵官戚继光袭平，平遁保南澳。"就是这样一支被誉为"16至17世纪东亚最强军队"的戚家军，随着戚继光的离任，戚家军的军饷，竟然被明朝政府拖欠？
戚继光被罢免，蓟州镇总兵换成北方人，戚家军处处受到排挤
《明史·戚继光传》：给事中张希皋等复劾之，竟罢归。居三年，御史傅光宅疏荐，反夺俸。继光亦遂卒。戚继光离任以后，蓟州镇总兵换成了北方人，戚家军处处受到排挤。到了万历二十三年（1595年）蓟州发生了一场兵变，《明神宗实录》万历二十三年十月二十日："己未，防海兵以要挟双粮鼓噪，蓟镇督、抚、道臣摘其倡乱者正法，余党尽驱南还。奏闻兵部覆请，报可。"表面上看，兵变主因是"要赏结聚"、"挟增月饷"索要"双粮"引起的，在主将戚继光离职后，蓟镇不仅不再固若金汤，倒像随时要爆炸的火药桶。
蓟镇南兵不仅难安其职，也不得所用，被视为赞疣。从马文卿的"南兵大逆有十"到马经纶将南兵"要恩"鼓噪的一般性群体事件，升级为"逆乱"高度，朝廷舆论对南兵甚是不利，为屠杀埋下了伏笔-事变还涉及当地的商铺、居民？，是否存在"劫富"嫌疑、矛头针对哪个阵营暂且不论，事变中的滥杀无辜总是难以洗刷。
总结：蓟州兵变导致戚家军被屠杀以后，浙江兵大伤元气，戚家军对明朝已经心凉了。从长远来看，蓟州兵变以后，戚家军的防线失去的作用，导致清皇太极时期，对大明的北边可以长驱直入。明朝失去了一道防线，然而蓟州兵变49年以后，明朝灭亡。《明史》记载："明之亡，实亡于神宗。"
