其次清朝虽然很短的时间就灭掉了南明政权，并清剿掉农民起义军，但是清朝内部却一直非常混乱。什么白莲教、三藩之乱，边疆也一直不天平，光是准噶尔就让清朝头疼了差不多一个世纪！内外交困的清朝政府哪里有时间管澳门这样一个弹丸之地呢！
最后就是澳门被葡萄牙人占领对于清朝政府也有一定的好处。一方面澳门虽然面积很小，但是葡萄牙在当时可是一个非常强大的国家，清朝政府可能短时间占到便宜，但是要是把葡萄牙惹怒了，双方爆发大战那就得不偿失了！另一方面清朝采取了"闭关锁国"的政策，但实际上清朝还是需要从外国进口一些西方的商品，这个时候澳门就成为了一个通商口岸，很多外国商品都可以从澳门进入内地。清朝认为澳门的存在方面了自己，于是便不再提收复澳门这件事了。
