第二次调整--镶蓝旗旗主换人。
永平之战后，阿敏（舒尔哈齐的次子）逃回关外，皇太极借此机会整肃阿敏。他召集众大臣及贝勒，给阿敏定了议十六项大罪。最后处理结果是：削去阿敏的旗主之位，并将其圈禁在家。其所属镶蓝旗则赏给跟皇太极穿一条裤子的堂弟济尔哈朗。
由于济尔哈朗也是舒尔哈齐的儿子，这次换旗主，镶蓝旗没什么异动。
第三次调整--两黄旗和正蓝旗的混编。
后金天聪六年（公元1632年），正蓝旗的旗主莽古尔泰病逝，正蓝旗的旗主由原先正蓝旗小旗主莽德格类继承，而莽古尔泰的佐领也由莽古尔泰的儿子继承（小旗主）。
