清朝末期由于清政府无能，导致对黑城觊觎已久的俄罗军人科兹洛夫和英国人斯坦因，带领沙俄士兵，在这里找到了大量文物，并带回圣彼得堡，黑城因此闻名世界。于是，科兹洛夫找到当地蒙古王爷巴登札萨克，威逼利诱他带路，从而进入了黑城。从4月1日开始，不到半个月，科兹洛夫和他的下属在黑城的佛塔、寺庙、官府遗址四处挖掘，挖走了整整十个大箱子的文物。在巴登札萨克的帮助下，这伙人通过蒙古邮驿分批运回了沙俄。随后，科兹洛夫离开黑城，到青海继续盗窃中国的文物。
这些文物绝大部分都在一座佛塔内保存着，这座佛塔内还有一具女性的骸骨，被视为佛塔的主人。当然，这些文物全部都运回了俄国，现在保存在圣彼得堡的俄罗斯科学院东方研究院。这批文物之多之巨大，俄罗斯人用了一百多年，于21世纪初才整理完成。
黑水城的发现，是继殷墟甲骨、敦煌遗书之后的中国第三大考古文献发现，可见历史价值之高。还有大量的汉文、藏文、回鹘文、蒙古文、波斯文等书籍和经卷，以及陶器、铁器、织品、雕塑品和绘画等珍贵文物。这些文物文献数量很大，版本大都完整，是研究西夏王朝甚至于和西夏王朝同时的宋、辽、金王朝，还有元朝历史的"无价之宝"。
