阿睦尔撒纳之所以逃亡，是因为乾隆在其反叛之初通过大封特封厄鲁特各部首领，使得叛军内部被分化。不少首领开始倒戈，攻击阿睦尔撒纳。再加上赶来的清军，摆在阿睦尔撒纳面前的只有死路一条，好汉不吃眼前亏，先溜再说。
策楞、玉保因贻误战机被撤职查办，达尔党阿接替策楞为定西将军，兆惠威副将进驻伊犁。和俄国暗中勾结的阿睦尔撒纳在冬天偷偷潜回塔尔巴哈台（今新疆塔城地区），收集党羽、残部自立为汗，并向沙俄求援，条件就是永远臣服沙俄。兆惠在鄂垒扎拉图（今新疆乌苏西）大败叛军宰桑达什策零部。
1757年，为了彻底平定阿睦尔撒纳叛军，乾隆再次调集七千清军至巴里坤，定边将军成衮扎布、定边右副将军兆惠各领一军，兵分两路杀向伊犁。清军一路追击，阿睦尔撒纳不敌，再次逃往哈萨克。哈萨克汗阿布赉迫于清军的威势，欲擒阿睦尔撒纳献给清军，未能成功。阿睦尔撒纳逃往沙俄，但是过了两三个月就因得天花而病死在沙俄。
