1642年，明崇祯15年，李自成率领的农民起义即将推翻大明王朝，大明最后的防线，潼关，危在旦夕。崇祯眼看战事紧急，重新启用被投进大牢里的名将孙传庭。孙传庭临危受命，带着妻子冯氏来到潼关抵抗李自成的军队；同时江湖游医吴胸怀济世救人之心，又可因社会动荡，来到潼关拜访自己的老师，药局提领赵川。孙传庭随着不断地调查才发现，当地豪绅自私敛财，这潼关的军备粮草早就告急，同时崇祯还在不断的催促他尽快出兵迎战。后来孙传庭军中士兵染上怪病，赵川也是保守治疗，延误了时机，后来因施救不力以身殉职。吴又可在危难之时挺身而出，尝试用不同寻常的治疗方法去救治病患。
后来因为战事临近，孙传庭决心杀光病患，以绝传染复发之患，最终导致医者仁心的吴又可不辞而别，吴又可后来大胆提出对《伤寒论》的质疑，提出自创一套的祛病方法，创立《瘟疫论》。而孙传庭也被迫在准备不足的情况下与数倍于已的敌人决战，最后为国捐躯。大明的腐朽已经医无可医，一心报国的将领无法力挽狂澜，妙手回春的医者亦是无可奈何！大明已经是劫数难逃！
