方孝孺的建议，虽然看着有用，但是对于燕王朱棣来说，丝毫不起作用。建文四年（1402年）五月，朱棣率领燕军到达江北，这时朱允炆才下诏征集各地军队。
很明显这时人家都打到门口了，朱允炆才去征集各路援军，肯定是晚了。方孝孺建议说："时间太紧迫了，派人去和燕王朱棣谈判，许诺割让一些地方给他。"
这时的朱棣又不是傻子，一口气打下了南京，朱允炆见状没机会了，只好自焚而亡。关于朱允炆的下落，至今也没有定论。但是方孝孺的下场是很明确的，朱棣打下南京后，自然是想着怎么登基了。
在他从北京出发之前，姚广孝就对朱棣说："杀孝孺，天下读书种子绝矣。"这意思就是不能杀方孝孺，从这就可以看出方孝孺在读书人心中的地位了吧。
