结果遭到群臣的一致反对，声称："君集之罪，天地所不容"，李世民在求情无果后，显得很悲伤和无奈，只能哭着对侯君集说道："与公长决矣，从今而后，但见公遗像耳！"，尽管侯君集被处死，但是李世民却没有牵连他的家人。
值此，不是侯君集没有功劳，而是他的那份功劳实在太大，大到李世民不敢公开，大到李世民想要改史，所以侯君集的功劳也就隐藏了起来，最后只能含混的以建成、元吉之诛也，君集之策居多而一笔带过。
根据《资治通鉴》的记载，玄武门之变的头号功臣应该是尉迟恭、张公谨、长孙无忌、房玄龄、杜如晦等人，但是真正的头号功臣可能并非史料记载的上述人员，应该是此人 -- 侯君集。
关于玄武门之变的历史记载，只有尉迟敬德、长孙无忌、房玄龄等人，而侯君集并没有过多的出现在史料记载之中，而我们后人能够知道侯君集参与玄武门事件，也只有从两条线索得知。
