当然最主要的原因还是因为忌惮和杀鸡儆猴。两人都是非常有军事才能的，而且在太平军中的威望也是相当高的。陈玉成不愿意投降那自然是不会留着他继续和清军作对了；李秀成虽然愿意投诚，保不齐什么时候恢复元气了再勾结旧部造反又是一个大麻烦，干脆快刀斩乱麻一次性解决。
当然清廷对于起兵造反这么大的事也是不能容忍的，肯定是要杀鸡儆猴的，而李秀成就是现成的一只"鸡"。同时李秀成也是一只不得不杀的"鸡"，如果人人都想李秀成一样，不顺心了就造个反；造反打不过了就投降，还能当大官，那天下岂不是乱了套？所以说李秀成是必须得死的。所以两人虽然有差别对待，最后都被杀了。
参考资料：《清史稿》
