刘裕篡位后，给已亡故的父母追加了尊号，奉继母萧氏为皇太后。立长子刘义符为太子，其它三子都封了王。虽然乾坤已定，但是刘裕自思年老子幼，东晋朝虽然亡了，但是还有一个零陵王在，也就是禅位后的晋恭帝，终究椒前朝余孽，将来死灰复燃，会贻害子孙，想来想去还是不放心，决心再下毒手，斩草除根。永初二年的九月，刘裕买通了，恭帝皇后褚氏的弟弟，以探视褚氏为理由，带亲兵潜入，将晋恭帝司马德文用被子捂死在了床上。刘裕假装悲恸，率百官举哀朝堂，用晋朝的礼遇安葬了司马德文，谥号为恭。
杀了晋恭帝，铲除了后患，但是刘裕也年事已高，身体渐渐的也不行了，永初三年的春天，居然病倒了。而且病情日益加重，有时候朦胧睡着的时候，总是梦见无数的冤魂前来索命，已故的安、恭二帝，也时常浮现在他的病床前，往往半夜惊醒，汗流浃背。刘裕自知鬼魅萦绕，病不久已，召太子刘义符前来交待后事，又写了手诏。之后又召见朝廷重臣托付幼子，交待完毕便仙游了，创立刘宋王朝以来，在位也就两年有余，年六十七岁。同年的七月安葬，上谥号武皇帝，庙号高祖。
