曹操日理万机，国事繁忙，有头风之顽疾，头风，据《医林绳墨.头痛》注释:"浅而近者，名曰头痛；深而远者，名曰头风。"头风是顽疾，时间长，痛时生不如死。曹操头风久治不愈，最后延请华佗来为他看病，华佗对他说:"此病短期内难以治愈，若保守长期治疗，也只能暂时延长寿命"，华佗觉得曹操的病非自己完全力所能及，所以在曹操身边一段时间后，以收到家书妻子生病为由，离开许都回到家中，一段时间后曹操派人来催他回去，但华佗都以各种理由逗留家中不归。曹操又三番五次写信让华佗回许都，又令郡县派人护送，华佗自持有才能，厌恶为人役使以求食，仍然不上路。曹操很生气，便派人去查看；如果他妻子真的病了，便赐小豆四千升，放宽假期期限；如果欺骗，就逮捕押送。
事后查实，华佗果然撒谎，曹操盛怒之下华佗被押解回许都，经审讯，华佗供认其罪，按照汉朝律法，华佗是犯了不从征和欺君之罪。尽管有荀彧等人苦苦求情，但曹操依然把华佗下狱拷问致死，华佗临死前，把他毕生所著一把火全部烧毁。
二:祸从口出，罪及自己
这是《三国演义》的说法。东吴大将周泰身受重伤时，华佗曾亲往江东为周泰治伤，周泰伤愈后，在东吴名气越来越大。有人向曹操推荐华佗，曹操问:"江东医周泰者乎?"华佗到许都后，曹操待之以上宾，但面对头风多年，病入骨髓的曹操，华佗一时难以根治。华佗医术全面，尤其擅长外科，精于手术。他觉得曹操头风之病唯有通过外科手术来解决，需要劈开头颅，加以麻沸散麻醉，然后再动大手术以求术到病除。但这种劈头治病的方法，不仅太过于血腥，而且在当时的医学条件下，这种风险超高的手术，当权者是不会同意，甚至会遭来蓄意谋杀的祸根。华佗因此这件事，被以意图谋杀的罪名被逮系下狱，最终被严刑拷打致死。
华佗之死，主因在华佗自己。华佗在当时已经是天下闻名的神医。但华佗自视清高，对曹操的头风病并不太重视，华佗之死不管是正史说法还是演义说法，他的死都和他自己脱不开关系。按理说，华佗通于外科，精于手术，像头风这种病，非疑难杂症，华佗完全处理的来，但他无视曹操，推诿时间，欺瞒曹操，犯下不从征和欺君大罪。而他"劈头治病"这种荒唐的想法，更属大逆不道，罪无可恕。曹操杀华佗，杀的不冤。
