嫪毐趁乱逃出了雍城，但是在悬赏下，很快被抓了回来。他的主要党羽也被一网打尽，送到雍城受审。嫪毐毫无悬念地被判处车裂之刑，并灭三族。死党二十余人被判斩首，门客和奴仆四千余人被判流放巴蜀地区垦荒。他和太后生的两个私生子也被杀，太后则被幽禁在雍城宫中，失去了人身自由。
出于政治上的考虑，他亲自跑到雍城，将太后迎回了咸阳，仍旧住在甘泉宫。对于刚刚亲政的嬴政来说，平定嫪毐之乱可谓一举两得。其一自然是荡涤了太后宫中的乌烟瘴气，排除了太后对政局的干扰。
其二则是嫪毐被捕之后，将吕不韦如何送其入宫，又如何替他们掩藏私生子等事和盘托出，嬴政以此为由，罢免了他的相位，令他回到河南的封地上去养老。考虑到他为先王即位立下过大功，又有很多大臣为他求情，便放了他一条生路。
此后一年多里，各国的使者想请吕不韦出来做官。吕不韦自然没有答应，但是嬴政很担心吕不韦为诸侯所用，于是让他搬到蜀地去住，等于就是流放了。第二天他就自杀了。
