凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，奏过送兵部奏请定夺。后行奏俱改属兵部。
正德年间，明武宗通过宠幸武将江彬、设立两官厅的办法打压兵部的地位，但是随着明武宗的驾崩，这一切努力都化为泡影。
嘉靖年间，五军都督府仅剩的管理军户屯田的权力被收归户部，五军都督府成为了一个可有可无的部门，五军都督府的左、右都督成为了武将的荣誉职衔。此后，凡遇征战，武将都由挂兵部职衔的巡抚或总督节制。
凡天下将士兵马大数，荫授、迁除与征讨进止机宜皆属之。十三年分大都督府为五军都督府，见若以为品秩如其故者，而兵部阴移之，其权渐分矣。所谓五都督者，不过守空名与虚数而已。
秦汉以后的历朝历代并没有严格划分过武将和文官，统治者对大臣最为看中的其实是文武兼备，唐代甚至还有边帅立功后要入朝为相的惯例。这种情况下，明代五军都督府权力的削弱和兵部地位的崛起是不会出现任何问题的。
