鲁监国政权的钱塘江防线很快就被清军征南大将军博洛击溃，朱以海朝廷出海逃亡。张煌言此时只是个翰林修撰，没有机会给他表现。
1647年（永历元年，顺治四年），张煌言的能力开始得到表现，这时他已被鲁王加授右佥都御史。当年他与张名振、沈廷扬等一起率水师开到崇明岛，准备呼应反正的苏松提督吴胜兆。
哪知船队在海上遭遇风暴颠覆，张煌言辗转逃出包围来到浙东，就地招募义军屯田拒守，山寨军纪严明，深得民众拥护。
看上去容易，这其实很难做到，不管是义军还是明军，抢掠都很普遍，整肃军纪也就是军队思想政治工作，能认识并做到这点，张煌言已非常人。
顺治八年，舟山之战爆发，张煌言与张名振使出围魏救赵之计，出兵吴淞逼迫清军回救。他们打得顺风顺水，负责舟山留守的荡北伯阮进却出了岔子，舟山之役功败垂成。
