然而这只是孙传庭军事生涯的开始，在此之后，孙传庭更是将其作战才能发挥的淋漓尽致。崇祯十年，马进忠等部再次叛乱洛南、蓝田等地，孙传庭率军将其平定。崇祯十一年，孙传庭利用战术，兵分五路，将过天星、混天星的起义军击杀，后来又设下埋伏，几乎让闯王李自成的部队全军覆没。
然而他虽有显赫战功，却也抵不住奸臣在皇帝耳边的挑拨。就在他大败李自成的第二年，多尔衮等人率领的清军入关，崇祯召各路大军勤王。这个时候，朝中杨嗣昌与他发生了矛盾，不但挑拨了皇帝与他的关系，并阻止他见皇帝，还打算把陕西军留下。心系国家安危的孙传庭，立马提出了反对，大呼："秦军不可留也。留则贼势张，无益于边，是代贼撤兵也。"到了第二年，杨嗣昌则怂恿崇祯皇帝，想要把孙传庭调离陕北，让他总督山东、河南等地的军务。孙传庭借病推辞后，被诬告下狱。此事对农民起义军而言，是莫大的好事，毕竟没有了孙传庭，他们便没有了忌惮，甚至连差点全军覆没的李自成，都重新发展壮大了。但是这对明朝而言，却不是什么有利的事情，杨嗣昌统兵之后，完全不是起义军的对手，被打的节节败退。
