由于这艘船一直标榜自己是民用轮船，因此这名指挥官在战后也被告上了军事法庭接受审判，受到了法律的制裁。
并且在后来船员遗体逐渐打捞上来之后，美国人发现死亡的人是如此的多，尽管经过考证发现这些人都是自杀的，但是美国对自己的这一错误决策仍然抱有较大的歉意。为了赎罪，美国主动提成要对死去的那些人的后代做出补偿，但是却遭到了日本的拒绝，这是为什么呢？
在阿波丸号沉没之后，很多人就已经发现了其中的一些疑惑点，为了找出答案，这些人四处查访企图找出事情的真相。终于他们找到这艘船上唯一活下来的这个，船上的一位军官，可是当他们找到这个人进行一些询问的时候，这个人却不愿意透露只言片语。
后来美国公布了这艘船所押运的货物清单，清单显示这艘船上有40吨的黄金和各种各样的战争稀缺物资，可是他们忘了这艘船是在中国境内沉没的，在后来中国的打捞活动之中却发现美国所公布的清单是假的，根本就没有所谓的黄金，只打捞到了一些文物和日本人的遗骸，一批被打捞到的文物让人们离事情的真相越来越近。