另外还有两种说法，第一种就是朱元璋葬在朝天宫三清殿下，后代有许多学者经过调查后也支持这一说法。在清代浙东学派代表人物全祖望的《从朝天宫谒孝陵》中，他就明确指出朱元璋就是葬在朝天宫的。
第二种说法是，朱元璋原本是下葬在明孝陵，后来他的儿子永乐皇帝朱棣迁都北京时，将朱元璋的墓从明孝陵迁至北京万岁山。
在没有确凿的证据表明朱元璋的下葬地点之前，对于这些民间说法，许多专家学者都持开放态度，不可不信也不可全信。但是如果朱元璋生前劳民伤财建起来的明孝陵是用来掩人耳目的话，这个代价难免太大了点。
如今科学家们已经通过先进的技术贞测到了明孝陵下面的地宫，不过相关技术还并未成熟，近期内还不会开采明孝陵。
