清朝官方编纂的《明史》,其中的《刑法志》有不少篇幅涉及锦衣卫,它说:“锦衣卫狱者,世所称诏狱也……太祖时,天下重罪逮至京师者,收系狱中,数更大狱,多使断治,所诛杀为多。”当时令人噤若寒蝉的“胡惟庸党案”、“李善长党案”、“蓝玉党案”,先后杀戮四万多人,就是锦衣卫一手操办的。后来这位太祖高皇帝大概意识到,“法外用刑”并非守成之君应有之法,下令撤销镇抚司诏狱,烧毁刑具,囚犯移送刑部处理。
燕王朱棣反对削藩,以“清君侧”的名义发动军事政变,把建文帝赶下台,自己当上皇帝。由于名不正言不顺,遭到建文旧臣的强烈反对。为了肃清政敌,钳制舆论,他恢复了镇抚司诏狱。永乐初年,再度重现洪武年间的恐怖气氛,由“诛九族”发展到“诛十族”。受株连而处死的不仅有直系亲属、旁系亲属,外加朋友门生一族,还出现了“瓜蔓抄”,把案犯家乡的村庄化作废墟,没有一人得以幸免。这些都是锦衣卫的杰作。迁都北京以后,朱棣另外建立一个由亲信太监掌控的东厂,作用是“刺臣民隐事”,并且负有监督锦衣卫的使命。