在燕王朱棣的眼里，他的侄子建文帝是被一群奸臣包围控制着的。
四年后，当朱棣再次来到都城脚下，多半的建文朝臣马上改了风向，出城热烈欢迎燕王的归来。此时
皇宫一片火海真是
大煞风景，这让朱棣甚为恼火，他打出的旗号为“清君侧”，如今，还没等清“侧”，“君”却不见了，而那些奸臣，例如齐泰，黄子澄，方孝孺等也不见了。
当朱棣捉拿奸臣的告示贴不去不久，就有人来报说，抓住文学博士方孝孺了。
朱棣颇为高兴，因为这方孝孺虽只是翰林侍讲，但他威望甚高，连建文帝对他也是言听计从。
其实方孝孺不是被抓的，之前他出宫是去求救兵。当得知皇宫失火，建文帝殉国后，方孝孺返回家中换上孝服，来到宫门口号啕大哭。
朱棣恨他却不想杀他，可也不能轻易地就饶了他，讨伐燕王的檄文就出自方孝孺之手，那种字字诛心的滋味让朱棣好不难受。另外，别看此人是文人，却多次识破朱棣的缓兵之计，还企图离间朱棣与世子朱高炽的关系，可以说方孝孺和朱棣势不两立。
但朱棣最恨的还是鼓动建文帝削藩的兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄。
除了朱棣的军师道衍和尚外，建文朝的文武大臣也不主张杀方孝孺。这帮人可是怀揣私心，想着如果连方孝孺也投降，那就减轻了他们在道德上的压力，所以这些人异口同声地推荐方孝孺，声称只有此人才是起草燕王登基诏书的最佳人选。
朱棣感觉到方孝孺的影响力不可小觑，于是他屡次派人前往狱中探视方孝孺，想方设法说服他为自己效力，却被方孝孺一口回绝。
朱棣还得亲自出马，方孝孺被带到大殿上，一直声泪俱下哭祭建文帝。朱棣和颜悦色地命人给他换上朝服，继而好言相劝：先生，你这是何苦呢？哪知这方孝孺油盐不进，还和朱棣讨论起周公辅旦的经典历史，一再愤怒地指责朱棣杀害亲侄子，自己宁死也不会助纣为虐。
朱棣以为读书人好面子，就强迫手下将笔硬塞到他手上，给他一个台阶下。不料方孝孺奋笔疾书四个大字“燕贼篡位”，扔了笔，坐在地上放声大哭。
