后来王宝玉发现，他这么有能力的人却没受到重用，而跟他同批分配的飞行员业务能力平平，很多都走上领导岗位了。王宝玉越想越生气，心理越来越不平衡。
加之部队对王宝玉妻子的工作安排也使他很不满。1988年王宝玉结婚后办理了家属随军手续，部队将他妻子安排在师部驻地工作。王宝玉对这个安排并不满意，因为是夫妻两地分居。
于是王宝玉找到已成为副师长的老团长，要求调他到师部驻地，这样可以夫妻团聚。老团长觉得王宝玉要求太多，不服从组织安排，便狠狠批判了他。
工作调动没能实现，王宝玉的妻子多次跟他吵架便以此说事，说他没能耐、窝囊。
此后不久，师里提拔了一批飞行中队长和大队长，王宝玉信心满满，轮也该轮到他了，结果他再次无缘提升。王宝玉的愤恨由此达到了顶点。
1989年2月，团政治处因王宝玉不能正确对待家属工作安置以及他的升迁问题，造成与领导关系紧张等原因，将其列为思想工作重点人。
除了有针对性地做思想工作以外，部队还尽可能在工作和生活上给王宝玉以更多的帮助和照顾。王宝玉妻子回青岛老家生孩子，部队特批准他两个月时间回青岛陪护。
在青岛两个月期间，王宝玉接触到境外电台，思想上发生了很大变化，为他后来驾机叛逃埋下了种子。
回到部队后王宝玉一直进行着驾机叛逃的准备工作，他利用训练和演习的机会，仔细研究周边国家机场的数据、航线、气象等方面的资料，并将相关数据熟记在心。
